目前农村工业化学需氧量（ＣＯＤ）和固体废物等主要污染物排放量已占全国工业污染物排放总量的一半以上，而且污染物处理率也明显低于全国平均水平。要采取有力措施，抓好农村工业污染防治。强化农村工业企业污染减排监管，严格执行工业企业污染物达标排放和污染物排放总量控制制度。推进污染集中治理，根据区域环境承载能力和生产力布局，调整优化农村工业布局，引导企业向小城镇、工业小区适当集中，对污染实行集中控制。严格执行国家产业政策和环保标准，淘汰污染严重的生产项目、工艺、设备，防止城市污染严重的企业向农村地区转移。
我国农村每年产生的畜禽粪便约２７亿吨，化学需氧量（ＣＯＤ）产生量６９００多万吨，已经成为农村首要污染源。特别是８０％的规模化养殖场缺少污染治理设施，大量粪便、污水不经任何处理直接排入水体。我们要在继续推进养殖业发展的同时加大污染治理力度。合理规划畜禽养殖业发展，科学划定畜禽养殖禁养区、限养区、宜养区。对污染严重的畜禽养殖场实行限期治理，逾期未完成治理任务的，责令其停产整治。加强源头控制，对新建、改建、扩建的规模化畜禽养殖场必须严格环保审批。对严重污染水体的水产养殖场所进行全面清理、整顿，坚决取缔密度过大的水产养殖，严格控制水库、湖泊、河流网箱养殖规模。
我国是世界上化肥、农药使用量最大的国家，而利用率仅为３０％－３５％，流失的化肥、农药造成了水体和土壤污染。要有针对性地采取措施加强面源污染控制，积极引导农民科学使用化肥和农药，严格控制粮食主产区和蔬菜生产基地的污水灌溉，确保农产品质量安全。开展污染土壤修复试点，加强对主要农产品产地、污灌区、工矿废弃地等区域的土壤污染监测和修复示范。
我国大部分农村没有垃圾、污水处理设施，生活垃圾７０％左右没经过无害化处理，生活污水绝大多数是随意排放，严重影响农村人居环境。要努力做好农村生活污染治理工作。对农业集约化地区、重要饮用水水源地、重要湖泊水域和南方河网地区等水环境敏感地区，制定并颁布污染物排放及治理技术标准。大力研究、开发和推广农村生活污水和垃圾处理、畜禽和水产养殖污染防治、废弃物综合利用等实用技术，选择典型区域进行示范，逐步推广。支持小城镇和规模较大的村庄建设污水处理设施，城市周边村镇的污水可纳入城市污水收集管网。逐步推广城乡一体化垃圾处理模式，提高垃圾无害化处理水平。
此外，还要建立和完善农村环境监测体系，定期公布全国和区域农村环境状况。抓紧研究、完善有关土壤污染防治、畜禽养殖污染防治等农村环境保护方面的法律制度。按照地域特点，研究制定村镇污水、垃圾处理及设施建设的政策、标准和规范。加大环境监督执法力度，严肃查处违法行为，逐步建立覆盖农村的环境监察体系。