黑龙江省自农村税费改革以来，始终将推进乡镇机构改革作为深化农村税费改革的主要措施来抓，特别是去年以来，紧紧抓住国务院在黑龙江省实行全部免征农业税改革试点这一难得机遇，积极稳妥地推进乡镇机构改革，取得了阶段性成效。具体做法是：以实现乡镇职能转换，提高工作效率，增强为民服务水平，提升党在农村执政能力为核心，重点推进机构设置，缩编减员，调整布局和理顺县乡关系等五个方面工作。
一是围绕“新时期乡镇政府如何作为”进行职能定位。全省在深入调查研究和选择4个县(市)先行试点的基础上，逐步明晰了乡镇政府职能转变的基本方向：即突出发挥市场在资源配置上的基础地位；由上级任务驱动型转为农民需要驱动型；由偏重经济发展，转为经济、社会发展并重，把主要精力集中到提供公共服务上来，实现由管理型政府向服务型政府转变。由此将乡镇政府的主要职能定位为：贯彻落实党的路线、方针和政策；建立健全农村市场经济体系；鼓励兴办各类协会和中介组织，提高农民的自我组织、自我管理能力；引导农民进行科学化、现代化的农业生产，增加农民收入，发展农村经济；组织引导农村劳动力转移和就业；负责农村社会管理，维护农村社会稳定；为农村、农业、农民提供公共服务，发展农村社会公共事业和集体公益事业。新的职能定位解决了过去存在的重管理、轻服务，重经济发展、轻社会事业，重上面下达任务、轻农村的现实需要，习惯于行政命令、不善于发挥市场作用等种种弊端，乡镇干部实现三个转变，即由微观管理向宏观指导转变，由计划手段向市场引导转变，由行政命令向管理服务转变，促进了政府职能由“错位”向“到位”的转移，由“缺位”向“补位”的靠拢和由“越位”向“本位”的回归。
二是围绕“怎样使政府效能最大化”设置乡镇机构。经过探索总结，全省将乡镇内设机构设置规范为三种模式：一是设“两办三中心”。即设置党委、行政两个综合性办公室和农业技术综合服务中心，农村经济管理服务中心和计划生育服务中心等三个事业性服务中心，突出了乡镇政府职能转变，强化了社会管理、公共服务和组织协调三项职能；二是设“综合岗位”。即乡镇党政机构不设办公室，按照工作需要设13—15个综合岗位，按照岗位明确权责关系，减少了管理层次；三是设“三大办”。将原行政三办和事业五个中心重新整合为平安办、经济办、服务办。三办主任分别由一名副书记和两名副乡镇长兼任，平安办主要负责党群和稳定两大方面工作，经济办主要负责经济发展规划和乡镇政务两大方面工作，服务办主要负责为农民生产生活和增收搞好服务工作。全省决定在乡镇机构设置上以最大化政府效能为准绳，三种模式可择其一，不搞“一刀切”。事业性机构根据工作需要控制在3个以内，乡镇事业单位承担的行政职能，一律收归乡镇机关。有条件的县可按行业整合技术力量，跨乡镇分区域设立事业性综合服务中心。乡镇领导职数按照5职配备，党、政、人大、武装部领导干部实行兼职或交叉任职。县级职能部门派驻乡镇的公安派出所等派出机构，实行派出部门与乡镇双重管理，以派出部门管理为主，派出机构的党组织关系实行属地化管理体制。机构改革后，绝大多数乡镇设置了“两办三中心”，部分乡镇设置了“综合岗位加三中心”，少数乡镇设置了“三办”。据统计，全省实施农村税费改革以来，乡镇党政机构由原来的2832个减为1424个，减少1408个，精简比例为49.7%；乡镇事业机构由原来的4720个减为2709个，减少2011个，精简比例为43%。
三是围绕“如何坚持人本和确保稳定”缩编减员。乡镇在完成2001年精简任务的基础上，2004年再精简行政编制23.5%，大的乡镇行政编制控制在30名左右，小的乡镇控制在20名左右；全额拨款事业编制精简30%以上，乡镇机关工勤人员事业编制按精简后的行政编制的12%重新核定，人员实行聘用制。乡镇行政和事业编制，由省里实行总量控制，5年内不得突破。在人员安置上，省里规定，打破部门隶属关系，严格实行竞争上岗、择优录用；严格按照新核定编制配备人员，未超编单位不再分流人员，不符合条件的事业单位人员不能直接进入机关工作；乡镇机构改革、人员竞岗分流方案必须由所在市(地)审批，报省编办备案等。全省各乡镇的普遍做法，可以概括为“六步竞岗法”，即统一考试、全体干部民主测评、党政班子综合评价、竞职演讲、综合打分和张榜公示。通过实行“公平、公开、公正的竞争上岗，一批素质高、能力强、经验丰富的干部被选拔到工作岗位上来，使上岗人员增强工作动力、被分流人员服气、广大群众满意。据统计，全省共精简乡镇行政编制21791个，占原编制的46%。精简乡镇事业和工勤编制20752个，占原编制的48%；乡镇领导职数由改革前的7290人精简到目前的4479人，减少2811人，精简幅度为38.6%；全省乡镇行政、事业干部由过去乡均75人减到目前的53人。在人员分流上坚持做到无情竞岗，有情分流。主要采取“五招”：通过退休和提前退休，享受原职级退休工资待遇，安置2142人；通过提前离岗休养的与在职人员同等对待(也可以一次性补偿方式)安置4711人；通过选派优秀干部到村任职，并继续享受原工资待遇，安置939人；通过领办参办企业，取消原行政工资，享受企业工资待遇，安置545人；通过保留基本工资，公费安排学习，以及自谋发展和其他渠道分流，三年内带薪分流，三年后停薪脱钩，有关部门在税收、贷款发放、技能培训等方面给予支持，安置1587人。通过以上五种途径，2004年全省共分流人员10334人，节省财政开支6000多万元。
四是围绕“一加一小于二”调整乡镇区划布局。鼓励市县对不同类型的乡镇实施不同撤并办法。第一种是规模较小的乡镇，也是全省主要撤并的对象。全省统一规定，内地县(市)人口在15万以下的乡镇、边境县(市)人口2000人以下的乡镇必须撤并。第二种是市区所属乡镇。针对市区所属乡镇面积小，管辖行政村小，行政成本并不少的情况，对其撤并工作进行了积极探索。如齐齐哈尔市龙沙区撤销其所属大民镇和区农业局，成立了中共龙沙区委农村工作委员会和龙沙区农业委员会，两个机构，一套人员，并将其职能直接上收到区直主管部门，解决区里只管1个乡镇，乡镇只管几个村的问题。第三种是县政府所在地乡镇。如富锦市撤销了富锦镇，改为街道办事处。为了调动基层政府撤乡并镇的积极性，省政府出台了每减少一个乡镇奖励5万元的政策，同时不减少原有的各项转移支付补助。农村税费改革至今，全省共撤并了303个乡镇，占原乡镇总数的25%。
五是围绕“确保乡镇政府合理权益”理顺县乡之间关系。全省在乡镇机构改革中，按照财权和事权相统一的原则，规定将乡镇新增财政收入留给乡镇；凡属县级政府承担的财政支出，不得以任何形式转嫁给乡镇；属于乡级的应得财力，县级不得以各种借口截留。同时，加大监督检查和责任追究力度，省市财政部门定期抽查乡镇，督促政策的有效落实。通过采取一系列措施，初步理顺了县乡政府的关系。同时，通过建立“乡财乡用县监管”的管理机制，制定完善了各项财政管理制度，建立健全了监督办法，不仅保证乡镇的既得利益，还加强了乡镇转移支付、自有财政资金的监督管理和有效使用，保证了乡镇政权的正常运转。