探讨长效机制，首先要给出长效机制的定义。所谓长效机制有两个含义，一是能较长时间地发挥作用，二是它合乎社会主义市场经济体制的要求，不会成为今后深化改革的对象。第一个含义中的较长时间究竟有多长或许具有不确定性，第二个含义则非常明确，所以长效机制的后一个含义要比第一个含义更为重要。
　　从逻辑上讲，在既有“好牌”(国家综合国力提高引起的转移支付能力增强)又有“坏牌”(计划经济体制下形成的束缚生产力的制度安排)的情形下，难点不是出“好牌”，如通过财政转移支付直接为农民增收作贡献，而是通过深化改革处理“坏牌”，不断地改善“三农”的宏观政策环境。从解决问题的效果看，出“好牌”的效应是扬汤止沸，处理“坏牌”的效应是釜底抽薪；出“好牌”产生的是“给谁谁受益”的私有品效应，处理“坏牌”产生的是让整个群体获得均等的受益机会的公共品效应。当然，后者是一种“谁参与、谁努力、谁受益”的激励机制，并不能保证整个群体中的所有人都受益。
　　一、培育农业增效的长效机制
　　最近20多年，我国农业劳动力已转移出两亿多人，但农业微观基础、农业营销合作和农业发展环境，进而农业综合竞争力都没有出现较为明显的改善。现实中，农民通过从事非农产业致富的典型很多，农村通过城镇化致富的典型也很多，而农民依靠农业致富的典型相对很少。中国作为一个拥有13亿人口的大国，即便前两个方面做得很好，倘若缺乏一个具有竞争力、能直接使农民致富的农业，发展将是不全面的。
　　从长远看，从增强农业微观基础、发育农业营销合作和改善农业发展环境三个方面入手提高我国农业的竞争力，肯定比提高粮价、藏粮于库更为重要。
　　坚持农业家庭经营和扩大农业经营规模，是增强农业微观基础缺一不可的两个方面。如果农业总是停留在超小规模经营阶段，家庭经营对农业增长的作用将会越来越有限；如果放弃家庭经营这一适宜农业的基本经营制度，再搞“大帮哄”，扩大经营规模的作用将会大打折扣，甚至有可能重蹈覆辙。所以，增强农业微观基础的长效机制是：继续深化户籍制度改革，从赋予农民迁徙权入手减少农民的数量，继续深化农地使用制度改革，从促进土地使用权流转入手扩大农户的经营规模。
　　生产的家庭经营和营销的社区合作，是增强农业中观基础缺一不可的两个方面，其中，家庭经营旨在解决农业劳动监督难的问题，社区合作旨在降低农民的交易成本。这也是世界范围内农业的生产合作极少，非生产合作极多的重要原因。所以，增强农业中观基础的长效机制是：发育非生产领域的农民合作组织，有效地降低农民购买生产要素、销售产品的交易成本和学习技术的成本。
　　政府加大扶持力度和改进扶持方向，是增强农业宏观基础缺一不可的两个方面。所谓改进扶持方向，就是在扶持力度既定的情形下，尽量以具有“谁参与、谁努力、谁受益”的公共品效应，间接使农业增效的措施，如农业基础设施建设、农业技术推广、农业技术培训，替代具有“谁获得、谁受益”的私有品效应，直接使农民增收的措施。所以，增强农业宏观基础的长效机制是实施具有公共品性质、属于WTO规则中的“绿箱”政策的间接措施，以提高农业生产系统抵御恶劣气候的能力，提高农民应用适宜技术的能力。在此基础上若能将“黄箱”政策用足，农业发展宏观基础将会更好。
　　二、培育农民增收的长效机制
　　2004年，农民前三季度的人均现金收入达到2110元，实际增长11.4%，农民出售农产品的现金收入增长24.9%。农民收入增幅比同期城镇居民人均可支配收入增幅高4.4个百分点，比去年同期农民人均现金收入增幅高7.6个百分点，是1997年以来最好的一年。但2004年农民增收的主要因素是粮价上涨、税费减少和天时相济。
　　经过数年的改革，一些省份已经免征了农业税，其他省份农业税的税率也有所降低，农业税减免对农民今后增收的作用会越来越有限。经过多年的发展和居民收入的持续提高，我国已具备了人为提高粮价的经济实力，粮价上涨对其他物价上涨的影响力和引发社会震荡的可能性都会越来越小，但这种属于零和博弈性质且有碍于我国农业竞争力提升的策略，并不是最优或次优选择。如果农民生产农产品数量不变就可以得到更多的收入，很可能会助长农民对政府转移支付的依赖性，甚至有可能抑制农民创造社会财富的积极性。鉴于生产补贴的增收效应是短暂的，其扭曲市场的负面效应是长久的，虽然现行政策对农民增收的效果确实显著，且可继续实施，但将它维持下去的政策成本会随着时间的推移越来越高。
　　我国城乡居民权益的制度性差异还很大，数亿从事非农产业的农民尚未市民化，数亿剩余劳动力还滞留在农村，二元经济结构的转换还远远没有完成，据此可以认定，我国依然处于清除计划经济体制下形成的束缚农民的制度性障碍的阶段，农民依然是推动中国经济增长的重要力量，农村政策的首要目标依然是把蕴藏在农民身上的财富创造能力进一步发挥出来。无论前几年关于农村发展进入新阶段的提法，还是目前关于整个国民经济进入新阶段的提法，都有过于乐观之嫌。
　　赋权是将蕴藏在农民身上的财富创造能力发挥出来的有效手段，也是改革以来国家和农村发展的基本经验。改革初期农产品的快速增长，是赋予农民自主经营土地的权益的结果；20世纪80年代中期城乡非农产业的快速发展，是赋予农民选择就业机会的权益的结果，90年代，农村基层社区干群关系的改善，则是赋予农民选举村领导人的权益的结果。然而，对农民的赋权尚未完成，向农民赋权仍是深化农村改革的基点。向农民赋权，有利于提高政府目标和农户目标的互补性，从而使政府目标得到农民的广泛支持。旨在满足农民追求更多收入的赋权，有可能遭到部分市民的反对乃至抵制，但不会由此引发社会震荡。真正有可能引发社会震荡的是部分官员滥用公权、行政不作为和腐败行为，因此，不宜以保障社会稳定为理由而不向农民赋权。以赋权为切入点培育农民增收的长效机制，需要从以下几个方面入手：
　　1、赋予农民自由迁徙的权益。目前农民工实际上已经成为我国产业工人的主力军，但农民工及他们的家属转为市民的比例很少，之所以出现这种局面，最主要的原因是农村人口缺乏融入城市社区的权益。以赋予农民迁徙权为切入点，形成农村人口和农业劳动力数量持续减少与农户平均经营规模逐渐扩大相关联的机制，使农民收入的增长建立在要素报酬率提高、就业结构提升和农业竞争力提高等弹性更大、持续性更强的因素的基础上。一言以蔽之，从制度上赋予农民与城市居民同样的权利，实现公民权利的平等，是比给钱、给政策更为基本的措施，也是解决“三农”问题的关键之一。
　　2、赋予农民降低交易成本、学习成本，增加借款机会而结社的权益。近年来，我国农村的经济合作组织有一定的发展，它们从扩大交易规模、改善技术服务等方面入手降低农民的交易费用和学习成本，间接地为增加农民收入作出了贡献。但是，农民的组织化程度与农民的需求相比还有较大的差距，所以，应扩大农民为增收而结社的权益，并采取各种措施规范和引导农民经济合作组织的发育。按照“能给外国人的政策先给中国人”的逻辑，应赋予农村居民合作开办地方性中小银行的权益，以促进农村地方性中小银行的发展。
　　三、培育农村发展的长效机制
　　改革开放以来，我国的城乡面貌都发生了很大的变化，但城乡的发展差距趋于扩大，也是不争的事实。这种局面不利于社会的和谐、稳定。政府要通过再分配功能改进国民收入分配格局。再分配的重点是提供公共品。目前，农村的通电问题已经基本解决，继续要做的是通路和饮水安全问题。道路建设应由县道、乡道的升级转向修建全天候的村道、组道。我们的调查表明，广大农民都愿意出工出力修好村道和组道，并负责建成后的日常维持，只是由于缺乏购买炸药、钢材、水泥的资金，没有人组织而难以将这些活动付诸实施。饮水安全的情形也是如此。特别要加大农村教育和公共卫生投资力度，改善农村的义务教育、技能培训和公共卫生体系。同时加大向农村社会保障体系投资的力度，解决好不足农村人口总数5%、丧失了劳动能力的家庭的最低生活保障问题。
　　开展扩大村民直选范围的试点。村民直选的制度安排，使村委会与村民的关系得到了改善。目前有必要开展扩大村民直选范围的试点，以弄清其是否具有使乡镇政府与村民的关系更融洽的功效，现行的制度安排，即以人民代表大会制度为基础的政府治理结构，是否有改进的余地的制度安排。另外，应开展赋予农民介入有关农村的重大决策的参与权的试点。
　　规范和引导农民组织的发育。发育农民组织有利于完善农村治理结构，有利于基层政府职能的改革，有利于社会稳定。近年来，我国的村民自治组织、经济合作组织、社会公益组织都有一定的发展，它们在增加农民收入、提供公共服务、维护农村稳定和化解社区矛盾等方面发挥了作用。所以，应采取各种措施规范和引导农民组织的发育。
　　规范官员行为。官员滥用公权和行政不作为是现实中最大的问题，是农民最为憎恨的事情，也是引发官民冲突最为主要的原因。为了扭转这种局面，必须把政府的职责限定在保护合法产权、维护竞争秩序、提供公共物品和帮助弱势群体四个方面。否则，个人的英雄主义情结与群体的“不患寡而患不公”的情绪结合在一起，将产生一些民间的农民维权组织，从而使基层政府、村干部与农民的冲突越来越多。在规范官员的职责和行为准则方面制订出每个官员都必须做到的强制性规定，可能要比为他们树立一些先进典型更为必要。
　　政府官员承担决策失误的责任，消除各种侵犯农民权益的行为。目前，较为棘手的问题是乡镇债务问题随着农村税费改革的进展和完成而凸现出来了。在乡镇债务的处理上先要把坏帐冻结起来，使之不再增加；然后将其分为执行上级指令造成的坏帐和自己决策失误造成的坏帐两大类，其中，执行上级指令造成的坏帐由上级政府负责清理，其余坏帐由乡镇政府负责处理，以免政府采取向农民转移债务责任，侵犯农民权益的行为。